или прямо каждый по-отдельности населенный пункт можно брать?
Планируем делать этапы на каждый отдельный город или посёлок из перечисленных, плюс общий бонусный, плюс онлайн.
Да, можно брать только часть этапов, конечно. Из всех пунктов должны быть авиарейсы в региональные центры (впрочем, летнее расписание ещё не объявлено), так что можно гибко планировать.
Если времени мало, то рекомендую западный участок Братск-Нижнеангарск - его можно проехать дней за 5, там максимальная концентрация этапов (3-4 часа между городами, никаких суток в поезде) и максимальное разнообразие: города и посёлки, 50-е и 80-е, Байкал и горы.